Στο Γ’ εξάμηνο σπουδών του Προγράμματος προβλέπεται η εκπόνηση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας (ΜΔΕ), η οποία πρέπει να ολοκληρωθεί σε διάστημα έξι μηνών. Σε ειδικές περιπτώσεις, και έπειτα από εισήγηση της Σ.Ε. και απόφαση  της Συνέλευσης του Τμήματος, η φοίτηση για την  ολοκλήρωση της ΜΔΕ μπορεί να παραταθεί για ένα (1) ακαδημαϊκό εξάμηνο.

Η γλώσσα συγγραφής της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας μπορεί να είναι  η Ελληνική ή η Αγγλική.

Για να εγκριθεί η εργασία, ο μεταπτυχιακός φοιτητής οφείλει να την υποστηρίξει ενώπιον της Τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής.

Συνοπτικά τα στάδια ολοκλήρωσης της ΜΔΕ είναι τα ακόλουθα:

• Υποβολή στην Γραμματεία του ΠΜΣ αίτησης στην οποία αναγράφεται ο προτεινόμενος τίτλος ΜΔΕ, ο προτεινόμενος Επιβλέπων και η γλώσσα συγγραφής.
• Έγκριση θέματος ΜΔΕ και ορισμός Τριμελούς εξεταστικής επιτροπής από τη Σ.Ε. του ΠΜΣ και τη Συνέλευση του Τμήματος
• Έναρξη συγγραφής της ΜΔΕ
• Κατάθεση της ΜΔΕ στον Επιβλέποντα Καθηγητή για έλεγχο και τυχόν διορθώσεις 
• Ο Επιβλέπων Καθηγητής χορηγεί στον μεταπτυχιακό φοιτητή α) ΕΙΣΗΓΗΤΙΚΗ ΕΚΘΕΣΗ  ότι η ΜΔΕ είναι πλήρης και με ορισμό της ημερομηνίας παρουσίασης και β) ΒΕΒΑΙΩΣΗ ΕΛΕΓΧΟΥ ΚΕΙΜΕΝΙΚΗΣ ΤΑΥΤΙΣΗΣ υποχρεωτικά
• Ο μεταπτυχιακός φοιτητής καταθέτει  στη Γραμματεία  ΑΙΤΗΣΗΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ της ΜΔΕ και μαζί την  ΜΔΕ σε ηλεκτρονικό αρχείο (CD), την ΕΙΣΗΓΗΤΙΚΗ ΕΚΘΕΣΗ και τη ΒΕΒΑΙΩΣΗ ΕΛΕΓΧΟΥ ΚΕΙΜΕΝΙΚΗΣ ΤΑΥΤΙΣΗΣ και παραδίδει ηλεκτρονικώς ή εντύπως αντίτυπό της ΜΔΕ στα μέλη της Εξεταστικής Επιτροπής.
• Ο Επιβλέπων Καθηγητής καταθέτει  στη Γραμματεία  την ΠΡΟΣΚΛΗΣΗ ΔΗΜΟΣΙΑΣ ΥΠΟΣΤΗΡΙΞΗΣ  της ΜΔΕ για ανάρτηση στην ιστοσελίδα τουλάχιστον 5 ημέρες προ της παρουσίασης
• Δημόσια Υποστήριξη της  ΜΔΕ ενώπιων της Τριμελούς εξεταστικής επιτροπής στην προγραμματισμένη ημερομηνία
• Οριστικοποίηση της ΜΔΕ  σε ΤΕΛΙΚΟ ΑΡΧΕΙΟ (μετά και τις όποιες διορθώσεις ζητηθούν από την 3μελή επιτροπή) και επανέλεγχος
• Κατάθεση από τον Επιβλέποντα Καθηγητή της ΒΕΒΑΙΩΣΗΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ( βαθμολογίας) της ΜΔΕ στη Γραμματεία του ΠΜΣ υπογεγραμμένη από την Τριμελή επιτροπή
• Αποστολή στη Γραμματεία της ΤΕΛΙΚΗΣ ΜΔΕ   σε ένα (1) εκτυπωμένο και βιβλιοδετημένο αντίτυπο και σε ηλεκτρονικό αρχείο σε μορφή PDF (σε 2 CD)
• Ανάρτηση  της ΤΕΛΙΚΗΣ ΜΔΕ από τον ίδιο τον μεταπτυχιακό φοιτητή στο Ιδρυματικό Αποθετήριο (ΑΜΗΤΟΣ).

Όταν εγκριθεί η καταχώρηση στο  Ι.Α. γεννάται  η υποχρέωση να εκτυπώσει ο φοιτητής την Άδεια Ηλεκτρονικής Διάθεσης Τεκμηρίου (http://amitos.library.uop.gr/adeia_diathesis.pdf), συμπληρώσει τα στοιχεία του και προσκομίσει αυτήν μαζί με CD της ΜΔΕ στο Παράρτημα της Βιβλιοθήκης  στον Αντικάλαμο. Η παράδοση του CD και της Άδειας θα πρέπει να γίνει εντός 20 ημερών από την υποστήριξη της ΜΔΕ και το αργότερο 15 ημέρες πριν από την ορκωμοσία.

• Οδηγός Συγγραφής ΜΔΕ
• Οδηγός Αυτοαπόθεσης στο ΑΜΗΤΟΣ (Ιδρυματικό Αποθετήριο) 
• Κανονισμός Λογοκλοπής Πανεπιστημίου