Τα αρμόδια όργανα διοίκησης του ΠΜΣ, σύμφωνα με το άρθρο 31 Ν. 4485/2017, είναι:

1. Η Σύγκλητος του Ιδρύματος
2. Η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών του Ιδρύματος
3. Η Συνέλευση του Τμήματος Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων
   Πρόεδρος Τμήματος Σπηλιόπουλος Ιωακείμ, Αναπληρωτής Καθηγητής
4. Η Συντονιστική Επιτροπή του ΠΜΣ
   Σπηλιόπουλος Ιωακείμ, Αναπληρωτής Καθηγητής, Πρόεδρος
   Καπόλος Ιωάννης, Καθηγητής
   Παπαδέλλη Μαρίνα, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια
   Φαρμάκης Λάμπρος, Επίκουρος Καθηγητής
   Ρεκούμη Κωνσταντίνα, Λέκτορας Εφαρμογών
5. Ο Διευθυντής του ΠΜΣ
   Σπηλιόπουλος Ιωακείμ, Αναπληρωτής Καθηγητής
   Αναπληρωτής Διευθυντής Παπαδέλλη Μαρίνα, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια