Τα αρμόδια όργανα διοίκησης του ΠΜΣ, σύμφωνα με το άρθρο ν.4957/2022 (Α΄141), είναι:

1. Η Σύγκλητος του Ιδρύματος
2. Η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών του Ιδρύματος
3. Η Συνέλευση του Τμήματος Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων
   Πρόεδρος Τμήματος Σπηλιόπουλος Ιωακείμ, Καθηγητής
4. Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ.
   Σπηλιόπουλος Ιωακείμ, Καθηγητής
5. Η Συντονιστική Επιτροπή του Π.Μ.Σ.
   Σπηλιόπουλος Ιωακείμ, Καθηγητής, Πρόεδρος
   Καπόλος Ιωάννης, Καθηγητής
   Παπαδέλλη Μαρίνα,  Καθηγήτρια
   Φαρμάκης Λάμπρος, Επίκουρος Καθηγητής
   Ρεκούμη Κωνσταντίνα, Λέκτορας